已经申领电子普通护照并成功留存指纹信息的，在同一省、自治区、直辖市申领电子往来港澳通行证时无需再经过指纹采集程序，但要进行指纹核验。申领电子往来港澳通行证、签注的资格、条件与申领之前签发的本式往来港澳通行证、签注完全一致。此外，成人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。电子往来港澳通行证及签注的收费标准不变。

    电子往来港澳通行证最大便捷之处是符合条件的持证人可以使用内地和港澳地区自助查验通道。内地口岸边检机关对7周岁以上（含）、已留存指纹信息的持证人，均允许经自助通道通行，但对于从同时通航港澳的空港、海港口岸出境的，因系统无法判断持证人目的地以进行签注减次，暂时无法提供自助通关服务；赴港澳旅游团队仍需经由人工检查通道出境。

    根据香港入境事务处的规定，16周岁以下人员不能使用香港自助查验通道（通常称为“e-道”）。16周岁以上（含）、持用新申领的电子往来港澳通行证首次入境香港的，须经由传统柜位办理入境手续，经人工检查获准入境，方可在该次入境后使用香港自助查验通道。上述安排暂时不适用于持逗留签注赴港暂住人士（其中，以学生身份或经补充劳工计划赴港的只可经传统柜位办理出入境手续；以受养人、受训人员身份，或经输入内地人才计划、优秀人才入境计划及非本地毕业生留港/回港就业安排获准在港暂住人士首次入境时必须使用传统柜位，此后可凭香港身份证使用自助查验通道）。根据澳门治安警察局的规定，11周岁以下人员不能使用澳门自助查验通道。

    特殊情况下，香港入境事务处、澳门治安警察局可依据当地有关规定停止自助通关服务，或更改个别或某类别持证人使用自助查验通道的资格或使用条款，无需预先通知。对未在申办证件时成功采集指纹的持证人不提供自助通关提示。

    需要注意的是，免登记使用港澳地区自助查验通道需事先授权。一般情况下，旅客使用港澳地区口岸自助查验通道，须提前向港澳地区主管部门登记备案指纹信息。为便于内地居民使用港澳地区口岸自助通道，希望使用该项措施的申请人均须在窗口办理证件时签署《电子往来港澳通行证持证人免登记使用港澳地区自助查验通道声明》（未满16周岁的由监护人签署）。

    如本次申领电子往来港澳通行证时未签署声明，但此后希望使用港澳地区自助查验通道的，可以申请换领电子往来港澳通行证。可以让广大持证人放心的是，指纹信息安全有充分保障。港澳相关单位承诺将不会存储证件中的指纹模板信息、不会将其用作口岸出入境查验之外的其他用途、不会向任何第三方提供。为确保持证人指纹信息安全且不被滥用，内地和港澳地区主管部门均建立了严密的管理制度，明确了管理责任，并采取多种技术保护手段和措施，芯片中存储的持证人指纹模板信息无法被还原为原始指纹图像，而只能用作判别人证同一性的依据。

    此外，电子往来港澳通行证启用后，仍在有效期内的本式往来港澳地区通行证及贴纸式往来港澳签注可以继续使用。持用本式往来港澳通行证的，可以继续申请贴纸式往来港澳签注。本式往来港澳通行证持证人，未持有效签注的，也可以申请换发电子往来港澳通行证。